142 पेपर
यह शोध पत्र UQ-PhysiCell को प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स, विस्तार योग्य पायथन फ्रेमवर्क है जो स्थापित सांख्यिकीय विश्लेषण पुस्तकालयों के साथ एकीकृत एक स्केलेबल, समानांतर वर्कफ़्लो प्रदान करके PhysiCell एजेंट-आधारित मॉडलों के लिए अनिश्चितता मात्रा निर्धारण (uncertainty quantification), अंशांकन (calibration) और मॉडल चयन को सुव्यवस्थित करता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि प्रोटिओमिक किनोम प्रोफाइलिंग को मशीन लर्निंग के साथ एकीकृत करना विशिष्ट ऑफ-टारगेट किनसे जुड़ाव, जैसे कि PDGFRB और EGFR, की पहचान करके किनेज इनहिबिटर कार्डियोटॉक्सिसिटी (हृदय संबंधी विषाक्तता) की भविष्यवाणी करने में सक्षम बनाता है जो प्रतिकूल हृदय संबंधी घटनाओं को संचालित करते हैं।
यह अध्ययन पीसीओएस (PCOS) ग्रैनुलोसा कोशिकाओं में सीडी44 (CD44) को एक प्रमुख हब जीन के रूप में पहचानने के लिए मल्टी-कोहॉर्ट ट्रांसक्रिप्टोमिक्स और नेटवर्क फार्माकोलॉजी को एकीकृत करता है और विशिष्ट जीन-ड्रग युग्मों, जैसे कि फ्लुफेनामिक एसिड के साथ जीजेए5 (GJA5), को भविष्य के चिकित्सीय विकास के लिए आशाजनक उम्मीदवारों के रूप में प्राथमिकता देता है।
यह अध्ययन ऊष्मा अनुकूलन (हीट एक्लीमेशन) की विशिष्ट कालिक गतिशीलता को स्पष्ट करने के लिए सुअरों के संपूर्ण रक्त ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण का उपयोग करता है, जो एक द्विचरणीय प्रतिक्रिया को प्रकट करता है जहाँ अल्पकालिक अनुकूलन प्रतिरक्षा सक्रियण और हीट शॉक प्रोटीन द्वारा संचालित होता है, जबकि दीर्घकालिक अनुकूलन में होमियोथर्मी (homeothermy) को बहाल करने के लिए लिपिड चयापचय और ऑक्सीडेटिव फास्फोरिलीकरण में जटिल चयापचय परिवर्तनों का समावेश होता है।
यह अध्ययन एक संसाधन प्रतिस्पर्धा मॉडल स्थापित करता है जो जीन अभिव्यक्ति की फिटनेस लागत को राइबोसोम, आरएनए पॉलीमरेज़ और ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर सीमाओं द्वारा संचालित विशिष्ट घटकों में अलग करता है, यह प्रकट करते हुए कि ये लागतें जीन उत्पादों के बजाय स्वयं ट्रांसक्रिप्शन और ट्रांसलेशन प्रक्रियाओं से उत्पन्न होती हैं, जिससे सिंथेटिक बायोलॉजी में जेनेटिक डिज़ाइन को अनुकूलित करने के लिए एक मात्रात्मक ढांचा प्रदान होता है।
यह अध्ययन चतुष्पाद चाल (quadrupedal locomotion) के एक कम्प्यूटेशनल मॉडल का विस्तार करता है ताकि यह प्रदर्शित किया जा सके कि जानवर गति-निर्भर विशिष्ट विषम टर्निंग रणनीतियों का उपयोग करते हैं—विशेष रूप से कम गति पर शरीर का झुकना, मध्यम गति पर पार्श्व बल का अनुप्रयोग, और उच्च गति पर पार्श्व अंग विस्थापन—जिसमें अग्रपाद मुख्य रूप से स्टीयरिंग को संचालित करते हैं जबकि पश्चपाद प्रणोदन और स्थिरता को नियंत्रित करते हैं।
हिमालयस (HiMaLAYAS) एक पायथन-आधारित फ्रेमवर्क है जो क्लस्टर्स को सांख्यिकीय इकाइयों के रूप में मानकर जैविक और गैर-जैविक दोनों डोमेन में महत्वपूर्ण एनोटेशन का परीक्षण करने और उन्हें विज़ुअलाइज़ करने के लिए पदानुक्रमित रूप से क्लस्टर किए गए मैट्रिसेस के पोस्ट हॉक एनरिचमेंट-आधारित एनोटेशन को सक्षम बनाता है।
यह अध्ययन श्वसन स्वास्थ्य से समझौता किए गए हार्बर पोर्स (harbour porpoises) पर एक एकीकृत मल्टीओमिक्स (MultiOmics) दृष्टिकोण का उपयोग करता है ताकि फेफड़ों और मांसपेशियों के ऊतकों में प्रतिरक्षा और चयापचय संबंधी अनियमितता के प्रणालीगत आणविक हस्ताक्षरों को प्रकट किया जा सके, जो समुद्री प्रजातियों पर मानवजनित प्रभावों की निगरानी के लिए नवीन बायोमार्कर प्रदान करता है।
यह अध्ययन व्यवस्थित रूप से प्रदर्शित करता है कि विभिन्न प्रोटोकॉल के माध्यम से मानव iPSCs को कार्डियोमायोसाइट्स में विभेदित करने से जैविक रूप से अद्वितीय कोशिका अवस्थाएं प्राप्त होती हैं जिनकी रोग-प्रासंगिकता भिन्न होती है, जो अनुकूलित रोग मॉडलिंग के लिए विशिष्ट हृदय संबंधी रोगों की आनुवंशिक संरचनाओं के साथ विशिष्ट विभेदन रणनीतियों को मिलाने के लिए एक ढांचा स्थापित करता है।
यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि *Saccharomyces cerevisiae* में एक द्वि-स्थिर (bistable) चयापचय स्विच, जो यह निर्धारित करता है कि कोशिकाएं किण्वनकारी "अरेस्टर" (arrestor) या श्वसनकारी "रिकवरर" (recoverer) अवस्था को अपनाती हैं, माइटोकॉन्ड्रियल और साइटोसोलिक राइबोसोम के बीच प्रतिस्पर्धा से उत्पन्न होता है, जहाँ माइटोकॉन्ड्रियल बनाम साइटोप्लाज्मिक प्रोटीन संश्लेषण की सापेक्ष दर इस संरक्षित एपिजेनेटिक संक्रमण के लिए आवश्यक सकारात्मक फीडबैक लूप को नियंत्रित करती है।